Predicción in silico de epítopos T CD8+ en la proteína Spike de variantes del virus SARS-CoV-2.

Abstract

El virus SARS-CoV-2 desencadenó una pandemia global declarada por la Organización Mundial de la Salud en enero de 2020, con más de 17 millones de casos y 675.060 muertes para agosto de ese año. En América Latina y el Caribe se registraron 1,65 millones de fallecimientos hasta 2022. En Ecuador (2020-2023), hubo 1.065.013 casos confirmados y 67.527 defunciones. El objetivo del estudio fue evaluar epítopos de linfocitos T CD8+ de la proteína Spike de variantes del SARS-CoV-2 para determinar su capacidad inmunogénica, mediante la identificación y comparación de alta afinidad. La investigación fue de tipo descriptivo con un enfoque cuantitativo, no experimental, transversal y retrospectivo, y se sustentó en análisis bioinformáticos. La población de estudio correspondió a secuencias de aminoácidos de la proteína Spike disponibles en bases de datos biológicas públicas. La muestra incluyó nueve secuencias completas de variantes del SARS-CoV-2 (Alpha, Beta, Gamma, Delta, Épsilon, Eta, Iota, Kappa y Lambda) en formato FASTA. Para la predicción de epítopos se utilizó la herramienta NetMHCpan-4.1, utilizando los alelos HLA-A02:01 y HLA-A24:02. Los resultados mostraron un promedio de 10 a 12 ligandos de alta afinidad y entre 24 y 28 de menor afinidad por variante, destacando epítopos conservados como YLQPRTFLL y YYHKNNKSW, caracterizados por su fuerte unión, ausencia de toxicidad y alergenicidad. En conclusión, la proteína Spike mantiene un perfil inmunogénico robusto con epítopos conservados entre variantes, lo que apoya su uso como candidatos universales para vacunas peptídicas dirigidas a respuestas T CD8+ en poblaciones con alta prevalencia de estos alelos HLA.